L. Pernavas tarnybą vidaus reikalų sistemoje pradėjo 1995 m. liepos mėnesį Ignalinos rajono policijos komisariate, kur dirbo Savivaldybių policijos policininku. 1996 m. vasario mėnesį buvo paskirtas Ignalinos rajono policijos komisariato Savivaldybių policijos Prevencijos tarnybos jaunesniuoju inspektoriumi, 1996 m. balandžio mėnesį - Ignalinos rajono policijos komisariato Savivaldybių policijos Didžiasalio policijos nuovados Prevencijos tarnybos apylinkės inspektorių jaunesniuoju inspektoriumi. Nuo 1997 m. gruodžio mėnesio L. Pernavas tęsė tarnybą Ignalinos rajono policijos komisariato Savivaldybių policijos Didžiasalio policijos nuovados inspektoriumi, 1999 m. kovo mėnesį paskirtas Ignalinos rajono policijos komisariato kelių policijos vyresniuoju inspektoriumi. Nuo 1999 m. spalio mėnesio dirbo Ignalinos rajono policijos komisariato viešosios policijos komisaru inspektoriumi, komisaro pavaduotoju. 2003 m. gruodžio mėnesį, pakeitus pareigų pavadinimą, ėjo Ignalinos rajono policijos komisariato viršininko pavaduotojo pareigas. 2005 m. birželio mėnesį paskirtas Zarasų rajono policijos komisariato viršininku. 2008 m. lapkričio 21 d. paskirtas Utenos apskrities vyriausiojo policijos komisariato viršininku. Nuo 2014 m. vasario 3 d. paskirtas Kauno apskrities vyriausiojo policijos komisariato viršininku. 
Nuo 2014 m. lapkričio 11 d. L. Pernavas paskirtas policijos generaliniu komisaru.

Linas Pernavas yra ne kartą skatintas premijomis, padėkomis, apdovanotas antrojo laipsnio Vidaus reikalų ministerijos atminimo ženklu „Tėvynės labui“, pirmojo laipsnio pasižymėjimo ženklu „Už nepriekaištingą tarnybą“, trečiojo laipsnio policijos pasižymėjimo ženklu „Už nuopelnus“, antrojo ir trečiojo laipsnio policijos pasižymėjimo ženklais „Angelas Sargas“. Už glaudų bendradarbiavimą su Valstybės sienos apsaugos tarnyba - „Pasieniečio garbės ženklu“, su Priešgaisrinės apsaugos ir gelbėjimo departamentu prie VRM - „Ugniagesio gelbėtojo žvaigžde“, su Lietuvos šaulių sąjunga - „Šaulių Sąjungos garbės šaulio“ ženklu.

Policijos departamento informacija